畜禽废弃物无害化处理设备采用好氧微生物有氧发酵原理，使微生物利用畜禽粪便和尸体中的有机质、残留蛋白等，在一定温度、湿度和充足氧气环境状态下，快速繁殖。繁殖过程中，它们消耗粪便和尸体中的有机质、蛋白和氧气，代谢产生 、CO2和水蒸气。同时释放大量的热量，使罐内温度升高。

本设备初次使用时，加入原料的同时须投入菌种；发酵后，再次加料时不需要再投入菌种，罐内繁殖产生的微生物即可实现继续发酵；此后只要正常加料、生产，使发酵过程持续，通过设备运行实现综合搅拌、通风、保温隔热等措施，创造适合微生物繁殖的环境，加快微生物的繁殖速度，促进“生物发酵-畜禽粪便、尸体无害化”过程，实现规模化、工厂化处理。